El trabajo del Cardenal Juan Luis Cipriani siempre ha girado en torno a la defensa de los valores de la vida y de la paz, así como del matrimonio y la familia. En todo momento también ha destacado la necesidad de velar por los derechos universales e inalienables de la persona y la solidaridad de los pueblos.

Monseñor Juan Luis Cipriani mostrando su fidelidad al Papa, y su deseo de servir a los demás, se trasladó en 1988 a Ayacucho, un pueblo golpeado por el terrorismo, y sumergido en la extrema pobreza.

Fue en este tiempo cuando luchó por el proceso de pacificación, repoblación y desarrollo de este departamento, inspirado en los principios de la doctrina social de la Iglesia.

Su profunda preocupación por el abandono de los pueblos andinos lo llevó a encabezar diversos esfuerzos para aliviar esta situación. Muchos pueblos fueron testigos de estas iniciativas porque defendió los derechos humanos del campesino y participó activamente en la pacificación del país, mediante la atención de las víctimas, a costa de sufrir incomprensiones y críticas, las que pasó por alto con una sonrisa y, a veces, con una réplica valiente en respeto a la verdad, que alguna vez una agencia de noticias calificó como “respuestas duras y provocadoras” (AFP Servicio del 14 de febrero del 2001.

Continuó decididamente una destacada obra iniciada por su antecesor Monseñor Federico Ritcher Prada OFM: La construcción de cinco casas hogares para 300 huérfanos del terrorismo (ubicadas en Tambo, Vilcashuamán, Huancapi, Huanta y Huamanga), además de la implementación de un programa de nutrición para 400 huérfanos con apoyo del gobierno de Luxemburgo.

Alentó un programa de apoyo al desarrollo campesino cofinanciado por el gobierno de España y la asociación Pro Perú, promovió un proyecto de alternativa de desarrollo mediante la promoción de la pequeña artesanía, el turismo y el empleo, por el sistema de recuperación de habilidades laborales que fue presentado al Banco Interamericano de Desarrollo (BID.

Además, permitió la formación laboral de la juventud ayacuchana en actividades como restauración, artesanía y servicios turísticos gracias a un Convenio de Cooperación Técnica para la capacitación de los recursos humanos entre Cáritas de Ayacucho y el BID.

Un comentario suelto, hecho a la volada, al término de una entrevista en su casa de Ayacucho, sobre un organismo de derechos humanos que se concentraba en defender a los terroristas condenados por horribles crímenes contra la humanidad, y que olvidaban la atención y defensa de campesinos y ronderos, fue utilizado entonces para denigrar su figura, mediante una grabación oculta y la manipulación de sus palabras, totalmente sacadas de contexto.

Con esta controversia fuera de lugar se demostró que si la actitud del ilustre prelado ha sido siempre directa, sin tapujos ni componendas, ha tenido que observar el odio a la religión o la ignorancia invencible de algunos pocos, que se han empeñado en calumniarle ante el pasmo de la gente común y corriente que lo quiere. Él siempre ha perdonado y bendecido a quienes tan injustamente lo critican.

Si se le pregunta cuál ha sido el mayor logro a lo largo de su fructífera labor al servicio de la Iglesia, confiesa que es la reapertura del Seminario Mayor de Huamanga, después de 38 años de haber permanecido cerrado.

Presidía cada año la famosa Semana Santa de Ayacucho, ciudad que se viste de fiesta y convoca a miles de turistas que asisten a ceremonias religiosas y procesiones populares llenas de fe, en un esplendor que dice mucho de la victoria cristiana sobre el azote de los años dolorosos y sangrientos de terrorismo.