La historia de la iglesia de las Nazarenas, que alberga hoy a la sagrada imagen del Señor de los Milagros, es casi tan antigua como la imagen misma. Tal como consta en la historia del Señor de los Milagros, la sagrada imagen fue pintada en el humilde y tosco muro de una barraca por un esclavo angoleño. En 1655 un fuerte terremoto asoló Lima causando cuantiosas perdidas humanas y materiales. Las precarias viviendas de los esclavos angoleños cayeron por los suelos. Pero milagrosamente el muro donde estaba plasmada la imagen del Cristo Morado quedó intacto.

Fue don Sebastián de Antuñano y Rivas el verdadero impulsor de la construcción del Santuario del Señor de los Milagros. Nombrado cuarto mayordomo de la sagrada imagen en 1684, compró los terrenos aledaños a la zona —donde se la venera hasta hoy— y construyó la primera iglesia del Cristo Morado. Ésta sufrió graves daños por la acometida del tiempo y los terremotos. A esta primera edificación —que requirió ser prácticamente demolida en 1746— le seguirá en importancia la que fue construida en 1771 por iniciativa del Virrey Amat. Este templo ha sufrido, hasta nuestros días, tantas remodelaciones como sismos ha soportado la Ciudad de los Reyes. Lo que comenzó siendo una pequeña capilla es ahora un imponente templo de hermosa arquitectura, y que, contrariamente a lo ocurrido con otros monumentos, se ha visto embellecida progresivamente después de las muchas reconstrucciones y arreglos de que ha sido objeto. Año a año el santuario recibe a millares de fieles devotos del Cristo Morado, que pueden admirar —en el lugar central de la iglesia— la milagrosa imagen que pintara una piadosa mano morena hace siglos y que milagrosamente permanece hasta nuestros días dando testimonio de la eterna miesericordia divina.

Al costado del templo se ubica el monasterio de las Nazarenas. En octubre de 1700 el mayordomo constructor de la primera iglesia hizo donación de ésta y de los terrenos adyacentes a las beatas Nazarenas. Éstas vestían el habito morado, dándose así origen a los hábitos de ese tradicional color que usan los devotos en el mes de octubre. Estas beatas tomaron como regla la carmelitana y así lograron elevar el beaterio a la condición de monasterio. Actualmente las Madres Carmelitas Descalzas-Nazarenas —que continúan usando el hábito morado en vez del tradicional marrón carmelitano— son las guardianas del Señor de los Milagros. En 1966 el antiguo monasterio quedó en ruinoso estado debido un fuerte sismo. Dos años más tarde se erigió uno prácticamente nuevo, en el que las "Fieles Guardianas y Cuidadoras" del Señor los Temblores viven dedicadas a la oración.

Como consecuencia del gran número de fieles que se acerca a la iglesia durante todo el año y que en el mes de octubre se torna en una verdadera marea humana, las Madres Descalzas-Nazarenas buscaron ampliar la capacidad del templo. Es así que entre 1987 y 1989 se construyó "la Capilla de la Reconciliación". La moderna construcción —que ha merecido importantes galardones por su bella arquitectura— es un complejo con más de 2,500 metros cuadrados y con capacidad para 500 personas. Cuenta con 8 confesionarios y su nave está presidida por un imponente Cristo de estilo manierista. Octubre a octubre esta edificación recibe a miles de penitentes que acuden para recibir el sacramento de la reconciliación —de ahí el nombre de la capilla—.