Esta Iglesia tiene de titulares a los Apóstoles San Pedro y San Pablo. Desde el principio se le llamó Iglesia de San Pablo hasta el año 1770 en que toma el nombre de SAN PEDRO.

La historia de esta hermosa y antigua Iglesia conoce tres etapas fundamentales:

IGLESIA PRIMITIVA:

Su historia se inicia con la llegada de los Jesuitas el 1 de Abril de 1568. De inmediato se emprendieron las labores de construcción de la Iglesia con el fin de que la Lima de entonces, de apenas unos 10000 habitantes, contara con un lugar más dedicado a la celebración del misterio de la Eucaristía y de las distintas labores propias del anuncio del evangelio.

Cabe destacar cómo muchos de los vecinos dieron algunos lienzos y tablas de imaginería para embellecer los muros, sedas para los ornamentos, y piezas de plata para la sacristía.

LA SEGUNDA IGLESIA:

El afán de una mejor evangelización y el deseo de alcanzar una mejor escucha y celebración de la Fe, alentó la construcción de una nueva Iglesia. El 30 de Junio de 1569 se colocó la primera piedra en el terreno inmediatamente contiguo a la anterior. La labor concluyó seis años más tarde después de múltiples esfuerzos y de la cooperación de todos los feligreses que aportaron no pocos donativos.

TERCERA IGLESIA. LA ACTUAL:

El acuerdo de la construcción de la nueva Iglesia se tomó en la congregación provincial de 1618. En 1628 se terminaron tres de sus capillas, en 1635 se erguía airosa la cúpula, y fue el 31 de Julio de 1638 cuando se celebró su solemne dedicación. A partir de este momento más de tres siglos y medio han sido testigos del Amor de Dios que se renueva una y otra vez en cada Eucaristía.

Visitar esta Iglesia no sólo ofrece una oportunidad de encuentro con el Señor, sino que también constituye una oportunidad para maravillarse de la abundante riqueza artística que se deja ver en cada uno de sus altares, capillas, y pinturas. La arquitectura de la Iglesia de San Pedro manifiesta distintos estilos arquitectónicos. Entre ellos destaca el Renacentista, Plateresco, Barroco, Churrigueresco (Barroquismo exagerado), y Neoclásico.

En la nave central se ve resaltar la afamada arquería de San Pedro. Los cuadros en las pilastras dando cara a los confesionarios, representan a los Apóstoles. A lado y lado del pasillo central se capta la presencia viva de las Capillas doradas, que nos preparan para el encuentro maravilloso con el altar mayor, no sin antes levantar la mirada hacia la alta cúpula asentada sobre los cuatro arcos maestros donde lleva ya tres siglos y medio manifestando la grandeza del Señor.

El Altar Mayor estaba dedicado a los titulares de la Iglesia de San Pedro y de San Pablo, el retablo era barroco y muy rico, riqueza que se extendía en cuadros y marcos dorados por todo el presbiterio, hasta las pilastras del arco toral. Los terremotos de 1687 y de 1746 lo despojaron de su primitiva belleza de ahí que se procediera a remplazarlo. El actual Altar, labrado en estilo Neoclásico, se estrenó en febrero de 1809 y hacen parte de él las imágenes de San Pedro y San Pablo y el Corazón de Jesús que ocupa el nicho central, también hace parte de este altar la imagen de la Virgen María cuya presencia maternal guía el corazón de cada visitante hacia el encuentro con el Señor a través de la oración.

En el altar de las reliquias, maravilloso retablo de estilo renacentista, se encuentran abundantes reliquias de Santos Mártires, lo que hace que en la Iglesia de San Pedro, fuera del recinto donde esta el Santísimo Sacramento, no haya otro sitio de tanta sacralidad y respeto como el altar de las reliquias. En su cercanía hacen oración los que buscan robustecerse en la fe, acompañándose allí de tantos que murieron por ella.

Son muchos los altares que conforman esta Iglesia, cabe destacar entre ellos el de San Ignacio, el de San Francisco Javier y todas aquellas capillas laterales que una a una van representando las inagotables riquezas de la fe, una fe que espera encontrar un eco de santidad en cada corazón de quienes las visitan.

Por último cabe destacar cómo al costado del Templo de San Pedro y adosada a él se encuentra la capilla de la Penitenciaría que se construyó utilizando los cimientos de la segunda Iglesia. La capilla actual tiene un sólo altar - con un lienzo representando la escena de la Elevación de la Cruz - y está adornada en sus costados por grandes lienzos de la Vida de Cristo encuadrados en marcos dorados. Se encuentra también en la Iglesia de San Pedro la capilla de la O perteneciente a la congregación Mariana de Nuestra Señora de la Expectación del Parto, conocida más como Nuestra Señora de la O, dicha así por la "O" admirativa con que comienzan las antífonas latinas del Magnificat los ocho días que preceden a la Natividad.