Después de la fundación de Lima, el 18 de enero de 1535, el conquistador Francisco Pizarro entregó a la orden de Santo Domingo el solar que hoy ocupa su iglesia en el jirón Conde de Superunda, a una cuadra de la Plaza de Armas de Lima. Aunque los dominicos Juan de Olias, Alfonso de Montenegro y Tomás de San Martín, quien asume el gobierno de la orden en calidad de vice-provincial, fundan primero su convento en el solar de Diego de Agüero en la esquina de las calles Judíos y Bodegones para mudarse recién en 1541 al solar que se les había asignado, mientras se construía su casa.

Antes, el 4 de enero de 1540, se crea la provincia de San Juan Bautista del Perú de la orden de Santo Domingo, separándola de las provincias de Santa Cruz de la Española y de la de Santiago de México. La nueva provincia se extendía desde Nicaragua hasta el Río de la Plata, "por toda la costa del Mar del Sur". A partir de esa fecha el convento, que debía denominarse del Rosario, comenzó a construirse gracias a la ayuda de muchos vecinos que dieron gruesas limosnas, adquiriendo para sí y sus descendientes las capillas donde habían de enterrarse. El capitán Juan Fernández edificó y dotó la capilla de San Juan de Letrán, Diego de Agüero, la de Santo Cristo, situada en el crucero, que mas tarde vino a ser la del Rosario y Jerónimo de Aliaga tomó para sí la denominada de San Jerónimo, que hoy es la capilla de Santa Rosa de Lima.

En ese mismo año Francisco Pizarro funda la Archicofradía de la Veracruz para dar culto al fragmento de la cruz en que murió Cristo y que a instancias de Carlos V envió a Lima el papa Paulo III. Para albergar esta reliquia se construyó la Capilla de Veracruz al costado de la iglesia de Santo Domingo. Pocos meses después llega un grupo de 12 sacerdotes de la orden, incluyendo a Domingo de Santo Tomás, fundador de la Universidad de San Marcos que, con el nombre de Estudio General, inicia en 1548 sus cursos de Teología, Escritura, Gramática y Lengua General. El 2 de enero de 1553 se inicia oficialmente el funcionamiento de la Universidad, cumpliendo con la Real Cédula expedida en Valladolid el 12 de mayo de 1551, siendo su primer rector el padre dominico Juan Bautista de la Roca. En 1574 se muda la Universidad al local de San Marcelo, después de haber sido abandonado por los padres de San Agustín.

El 28 de marzo 1568, llegan al Callao y el 1 de abril hacían su entrada en Lima 7 religiosos de la Compañía de Jesús, encabezados como provincial por el padre Jerónimo Ruiz del Portillo, para instalarse provisionalmente en el convento de Santo Domingo, antes de iniciar la construcción de su primer templo que inaguraron seis años después.

La iglesia de Santo Domingo demoró en construirse. Aún no estaba terminada en 1583, ya que el 22 de enero de ese año el artífice mayor de albañilería Esteban Gallegos, requerido por los padres, declara que conocía el convento hacía 24 o 25 años y que a la iglesia "le falta de acabar y hacer mas de la mitad della y lo que falta por acabar no se hará con 40,000 pesos, por ser todos los materiales de cal, ladrillo y piedra muy costosos". Lo que no impedía que se adornaran sus capillas, como la de la Virgen del Rosario de los Españoles que hizo en 1582 el escultor sevillano Juan Bautista Vásquez y cuya pintura realizó Pedro de Villegas. Todavía en 1590, después del desastroso terremoto de 1586, el escultor sevillano Juan Martínez Montañés se obliga entregar al dominico Cristóbal Núñez, para la iglesia un "Santo Domingo", un "Santo Tomás", una "Santa Catalina de Sena" y el "Cristo" de la familia Aliaga. También el pintor Mateo Pérez de Alesio, que llegó a Lima en ese año, trazó los santos que adornan los claustros dominicos.

En esa misma época, exactamente en 1594, y a la edad de 15 años, es recibido San Martín de Porras como donado en el convento de Santo Domingo, por el prior Francisco Vega. Luego de nueve años profesa en la orden y el 2 de junio de 1606, en el coro del convento, el superior fray Alonso de Sea recibe sus votos de pobreza, castidad y obediencia. Durante 33 años, hasta su muerte, el 3 de noviembre de 1639, Martín será el enfermero, cirujano y barbero de la institución, ayudando y atendiendo a muchos menesterosos. Fray Martín fue canonizado por el papa Juan XXIII en 1962.

A finales del siglo XVI y hasta el terremoto de 1909 se termina la primera iglesia del convento y se trabaja intensamente en el adorno de los claustros. El 17 de setiembre de 1603, el alarife carpintero Francisco Rodríguez contrata cubrir los cuatro ángulos de un claustro pequeño que se estaba construyendo. Entre 1604 a 1606 se colocan los azulejos del claustro principal, importados del taller de Hernando de Valladares de Sevilla. A partir de allí se colocan los azulejos que fray Francisco de Avendaño, procurador del convento, encargó al ceramista Garrido, de acuerdo a la inscripción "me fecit Garrido", que aún se conserva. Debieron ser 6,000 azulejos grandes y los chicos que fueren necesarios, "habían de ser como los de la sala del Palacio". También en 1606 fundan los padres del convento de Santo Domingo la recolección Santa María Magdalena, después Sagrados Corazones o Recoleta en la actual plaza Francia.

Después del terremoto de 1609 el convento de Santo Domingo inicia una gran actividad constructora que transformaría el monumento totalmenmte. En 1615 el maestro alarife Alonso Arenas reacondiciona el claustro principal y el prior Salvador Ramírez manda hacer los retablos procesionales de los ángulos del mismo. En 1616 el escultor Diego Martínez de Oviedo contrató con los mayordomos de la cofradía del Rosario para hacer el retablo de la virgen titular y un Jesús Nazareno, que fueron dorados por Diego Sánchez Merodio. El 16 de mayo de 1619 el alarife Diego Guillén contrata con los mayordomos de la capilla de la Veracruz la ejecución de la portada renacentista de ingreso, quizás diseñada por Juan Martínez de Arrona, que se puede ver en el grabado de la fachada de Santo Domingo que aparece en los "Tesoros Verdaderos de Indias" de Juan Meléndez, publicado en Roma entre 1681 y 1683.

Mientras se estaban realizando estas obras el beato Juan Masías, antes de ingresar a la orden de Santo Domingo, contrata con el acaudalado Pedro Jiménez Menacho cuidar su ganado menor, que poseía éste como asentista del abasto de carne de la ciudad, en un lugar inmediato a la Alameda de los Descalzos, en donde se levantaría después la iglesia y beaterio de Nuestra Señora del Patrocinio. Es ahí, según refiere el beato en su autobiografía, donde tuvo revelaciones divinas. El 22 de enero de 1622, ingresa a la orden dominica para ocupar la portería de la recolección de Santa María Magdalena, actual iglesia de la Recoleta.

Anteriormente a la transformación de la fisionomía interna y externa del templo dominico, que se realizar  a partir de 1660, se hacen aún varias obras de importancia. El 2 de octubre de 1625 el alarife Francisco Gómez de Guzmán inicia la ejecución de la desaparecida portada del refectorio "según y de la forma y manera que está hecha la del refectorio del Colegio de San Ildefonso de la misma orden". A mediados de julio de 1630, el maestro de arquitectura y entallador Pedro Noguera realiza, a pedido del padre dominico fray Juan Yáñez, varias figuras para el retablo principal de la iglesia, que el pintor Agustín de Sojo, en compañía de Antonio de Umbela y Juan Cáceres, pintarán y dorarán. El 22 de enero de 1632, el alarife Antonio Mayordomo contrata la construcción de una espadaña para la iglesia en reemplazo de otra existente, de acuerdo al proyecto del padre dominico fray Juan García. El 14 de febrero de 1633, el alarife Antonio Mayordomo propone alargar el coro alto de la iglesia. El 18 de marzo de 1650, el maestro ollero Juan del Corral contrata hacer los azulejos para la iglesia y en 1653, por encargo de fray Alonso Prieto, los azulejos que habían de adornar la capilla del Rosario.

Pocos años después se inicia para el templo dominico la transformación que sufren todas las iglesias limeñas, es decir se reestructuran los templos abandonándose las formas góticas primitivas para reemplazarlas con lo que se ha llamado el barroco limeño. Así se inicia en Santo Domingo con la destrucción de la espadaña, recientemente inagurada, para remplazarla por una torre que es contratada, el 1o. de abril de 1659, al alarife Francisco Cano Melgarejo y al carpintero Lorenzo de los Ríos, por el prior fray Martín Meléndez, de acuerdo a los planos del alarife dominico fray Diego Maroto, que en esa misma época está construyendo el crucero y la cúpula de la iglesia. La torre de 44 varas de alto y de forma octogonal, se levantó sobre la capilla "de los negros" y constaba de tres cuerpos rematados por una cúpula coronada por una escultura bronceada de Santo Tomás de Aquino mitrado. Cano Melgarejo es autor también de la gran escalera conventual que aún existe. El 2 de enero de 1663, el maestro Lorenzo de los Ríos contrata la construcción de la cúpula para rematar la torre de Santo Domingo que se terminó de construir el 8 de enero de 1665. Un grabado de la iglesia con su torre publicó en Roma, en tres tomos entre 1681 y 1682, el dominico limeño Juan Meléndez en su "Tesoros Verdaderos de Indias". En 1666 el alarife fray Diego Marote hace derribar las bóvedas góticas de la capilla mayor de la iglesia para hacerlas reedificar en cal y ladrillo por el albañil Diego de la Gama; aunque por poco tiempo, ya que 25 años después las reconstruye en madera y yeso.

Mientras se realizaban estas grandes obras, dentro y fuera de la iglesia, en el mes de agosto de 1667, se celebró con gran pompa la beatificación de Santa Rosa de Lima.

El 17 de junio de 1678, a un cuarto para las ocho de la noche, se produce el terremoto que agrietó totalmente el templo de Santo Domingo. Después del sismo el alarife fray Diego Maroto inicia la conversión de la iglesia de Santo Domingo en un templo de tres naves, derribando la parte delantera de la iglesia a partir de las capillas paralelas de los Aliaga y los Agüero, y edificando el crucero con una nueva capilla mayor. Todo esto con adobes, madera y quincha, que habían comprobado ser mas resistentes que la piedra y el ladrillo. Una vez levantado el templo se reinicia su adorno. Así, el 14 de enero de 1684, el ensamblador Diego de Aguirre contrata con la cofradía de la Virgen del Rosario de los Españoles, en la iglesia de Santo Domingo, para hacer en un año el retablo y el camarín de la Virgen. En 1687 los ensambladores Pedro Gutiérrez y Juan Gómez de Lasalde terminan la confección del retablo de Santa Rosa. Entablaron pleito por debérsele 1,000 pesos de la cantidad ajustada y en su alegato dicen que el retablo terminado era de las mismas proporciones que el de la Virgen del Rosario y, por tanto, debía costar igual. En 1687 el pintor Rafael Bermúdez hace un lienzo de la Virgen del Rosario, rodeada de unos medallones con santos.

Después del terremoto de 1746, que redujo a Lima a escombros, se inicia la reconstrucción del convento y de la iglesia para convertirlas en el monumento que hoy conocemos. Después de la rehabilitación del templo le tocó a la capilla de la Veracruz que se reedificó en 1758 y el 12 de febrero de 1774 se colocó el primer ladrillo para la reconstrucción de la torre agregándole un cuerpo mas de altura diseñado por el artífice Juan de la Torre, siendo el resto de acuerdo a los planos del alarife Martín Gómez. El ángel de bronce de 3.5 mts. de altura, y que en las noches servía como faro, fue obra del platero Fernando Daza. La torre se terminó de construir en 1776 interviniendo en la reedificación como maestro de obras el alarife Juan de la Roca. En 1835 la arruinó un incendio sustituyéndose su cúpula piramidal por una chata y el ángel por uno de madera. Después del terremoto de 1940 la torre recuperó su forma original. En 1780 el maestro escultor José Pérez de Mendoza hace el retablo principal "de obra moderna" de la capilla de la Veracruz.

Durante la época de la Independencia el presbítero Matías Maestro transforma el interior del templo dominico reconstruyendo prácticamente todos sus altares para convertirlos al estilo neoclásico que estaba en pleno auge. Lo ayudaron en esta labor el maestro carpintero Jacinto Ortiz y el pintor José Sagastizábal. También encargó en 1822 al pintor sevillano José del Pozo decorar con sus lienzos el camarín de la Virgen del Rosario de los Españoles y pintar dos lienzos uno de Santa Rosa y otro de la Virgen María para los nuevos altares. Ya en este siglo los altares son remozados -y el de Santa Rosa redorado- gracias al autor de esta obra. El camarín de la Virgen del Rosario de los Españoles es una verdadera joya artística que desgraciadamente no esta abierto al público.

(Arquitecto Juan Gunther)