La orden religiosa de sacerdotes mendicantes de San Agustín, fundada en 1256 en base a las reglas monásticas creadas por ese santo, no estuvo presente en la conquista del Perú junto a las huestes de Francisco Pizarro, como sí lo hicieron los padres dominicos, mercedarios y franciscanos. Los primeros de ellos por expreso mandato de los reyes de España. Recién en 1546, once años después de la fundación de Lima, decide el provincial de la orden radicada en Castilla, fray Francisco Serrano, enviar al Perú a miembros de esta organización religiosa, debido al éxito que habían tenido en la conversión de los indígenas durante la conquista de México. Así en 1548 se embarca para cruzar el Atlántico, como adelantado de esa congregación, fray Agustín de la Santísima Trinidad, con el fin de preparar la llegada de doce de sus compañeros que venían a establecer el convento de esa popular orden en la capital del Virreinato del Perú. Durante la travesía, este seguidor de la orden establecida por el obispo de Hipona, hizo amistad con Juana de Cepeda que venía a contraer nupcias con el rico encomendero limeño Hernán González de la Torre, ex-regidor de Jauja, regidor de Lima desde 1536 y su accidental alcalde, en ese año y en 1538, debido a la ausencia del titular Hernando Montenegro. Ya en Lima los recién casados alojan al sacerdote agustino en su casa y le hacen donación de unas viviendas vecinas a la suya, ubicadas en un barrio extremo de la ciudad, sobre el camino que en esa época conducía al puerto del Callao.

El 1o. de junio de 1551 hacían su entrada solemne a la Ciudad de los Reyes los doce padres agustinos, que en su mayor parte pertenecían al convento de Salamanca, según escribe fray Ignacio Monasterio, para instalarse en los edificios que les habían cedido los esposos González de la Torre y que poco después los diligentes padres ampliaron con la compra del solar de Juan de Morales, en la esquina de las actuales calles de Pregonería con Belaochaga (Emancipación con Rufino Torrico). Ahí el alarife Esteban de Amaya les construyó, a partir del 19 de julio de 1554, su casa conventual en lo que hoy vendría a ser la parroquia de San Marcelo. En 1561 encomiendan al mismo alarife la construcción de su primera iglesia para la cual el carpintero Cristóbal López hizo primero los techos de alfarjes y artesonados, luego al año siguiente el coro y después, a pedido de fray Agustín de la Santísima Trinidad, la talla de la imagen en bulto de Nuestra Señora de la Gracia, convertida en la titular de dicho convento.

En la noche del 8 de julio de 1573 se mudan sigilosamente los padres agustinos, de su primitivo convento vecino a la actual parroquia de San Marcelo, a los solares que hasta hoy ocupan en la esquina de las calles San Agustín y Lártiga (Camaná con Ica) y que en secreto habían comprado debido a la oposición de los vecinos padres dominicos y mercedarios, quienes argüían que los conventos estaban demasiado cercanos entre sí, impidiendo su normal desenvolvimiento religioso al servicio de la comunidad.

El 31 de diciembre del año siguiente se muda la Universidad de San Marcos del convento de Santo Domingo, en donde se había fundado en 1551, al recientemente abandonado convento agustino, para a su vez abandonarlo, el 25 de abril de 1577 -día de San Marcos- e ir a ocupar el edificio que había sido la Casa de San Juan de la Penitencia, para las hijas mestizas de los conquistadores, frente a la plazuela de la Inquisición, actual plaza Bolívar, en los terrenos donde hoy se levanta el Congreso de la República.

Después el antiguo local de los padres de San Agustín sirvió por un tiempo como vivienda temporal de los inquisidores, a su llegada a Lima, y para alojar, a partir del 2 de febrero de 1579, a Lucrecia de Sansoles, viuda del capitán Juan de Rivas, a su hija Mencía de Vargas, y a sus seguidoras, para iniciar un lugar de clausura, siguiendo el ejemplo de las madres bernardas agustinas. Esta congregación religiosa fundada por viudas acaudaladas fue el antecedente del monasterio de la Santísima Trinidad. Las bernardas ocuparon el local hasta 1606 cuando se mudan para inaugurar su propia casa, en la actual esquina de los jirones Lampa y Emancipación. En 1585, durante su estadía, la antigua iglesia de los agustinos se convierte en la parroquia de San Marcelo, coincidente con la expansión de la naciente ciudad por esos barrios anteriormente tan alejados.

Pero ya antes, el 19 de julio de 1574, se colocaba con gran ceremonial la primera piedra de la actual iglesia de San Agustín, aunque todavía de dimensiones pequeñas y de aspecto rústico, a la que el carpintero Juan Mateos de Rivas anexa la construcción y techado de un salón de 60 pies de largo a partir del 9 de febrero de 1608. El terremoto del 19 de octubre de 1609 afectó mucho al naciente edificio por lo que el 19 de noviembre del mismo año se realiza una junta de alarifes, convocada por los regidores y presidida por el prior y arquitecto fray Gerónimo de Villegas para determinar cómo refaccionar el conjunto arquitectónico.

Se inicia así la construcción de una nueva iglesia y del convento actual de San Agustín, que hasta el terremoto de 1687 serán engalanados con las siguientes obras: En 1618 el pintor romano Angelino Medoro realiza para el refectorio el lienzo de la Concepción, una virgen de tamaño natural rodeada de ángeles. En 1621 el escultor sevillano Martín Alonso de Mesa Villavicencio hace el retablo de Santo Tomás de Villanueva para la capilla de enterramiento de la familia Bilbao. El 11 de mayo de 1626 su hijo, el escultor Pedro de Mesa, contrata acabar dos retablos, que dejó comenzados su difunto padre. En octubre de 1627 el escultor Juan García Salguero contrata la bellísima sillería del coro alto. En 1630 el pintor Antonio Dovela pintó y doró la bóveda de la capilla de Santa Lucía. Entre 1636 y 1637 el arquitecto y teniente Joseph de La Sida Solís, maestro mayor de la Catedral de Lima, construye la torre esquinera. En 1642 el ceramista Juan del Corral hace los azulejos para la capilla de la cofradía de indios de San Miguel. El 19 de abril de 1643 el alarife Luis Fernández Lozano contrató hacer la nueva sacristía y ante-sacristía desde sus cimientos mientras el entallador Diego de Medina contrata techarlas, así como, labrar y decorar su artesonado y cajonería. En 1649 el maestro de fábrica Francisco de Ibarra junto con el maestro albañil Juan de Mansilla hacen la tasación de lo que faltaba para terminar en la sacristía y ante-sacristía de la iglesia por muerte del alarife Luis Fernández Lozano, autor de lo hecho hasta esa fecha. Entre 1644 y 1646 el pintor cusqueño Basilio Pacheco realiza las pinturas que adornan el claustro principal. El 2 de agosto de 1669 el alarife limeño Cristóbal Caballero se compromete, hacer el retablo en blanco de la capilla de Nuestra Señora de la Gracia. En 1669 termina el también alarife limeño Manuel de Escobar la habitación llamada "El Lavatorio" en el tránsito de la sacristía al presbiterio. En 1672 el ensamblador Diego de Aguirre inicia el retablo principal y el de la capilla de Santa Rita que en 1673 el maestro ensamblador Diego de Aguirre terminará.

Paralelamente la orden agustina fundaba en Lima, aparte del establecimiento de sus casas en muchas ciudades del virreinato del Perú, su colegio mayor y su recolección como ya lo habían hecho las demás ordenes mendicantes. En 1612 se funda el colegio de San Ildefonso, vecino al actual local de la Escuela Nacional de Bellas Artes, para el cual el 29 de abril de 1616 el pintor Angelino Medoro se compromete a hacer el decorado y la ornamentación de los retablos tallados por el carpintero Pedro Vásquez de Zamora, cuya traza y planos había realizado el mismo Medoro.

En 1619 los agustinos levantaron su convento de recolección en la llamada Portada de Guía, llamado desde entonces Santuario de Nuestra Señora de Guía, siendo su primer prior el padre Juan Pecador. En 1625 el virrey manda demoler esta recoleta al enterarse de que carecía de licencia real, pasando a los religiosos al convento de San Agustín. Gracias al empeño del prior citado en 1630 el rey Felipe IV autoriza la reedificación de la recoleta de Guía, en el barrio del Rímac o "abajo el puente", un poco mas alejada del camino a Trujillo, en donde estuvo su fundación original. En 1634 los agustinos inauguran la iglesia de esta casa. Apenas dos años después se coloca la primera piedra para la construcción de nueva y tercera iglesia para la recolección que se inaguró el 21 de noviembre de 1644 y para la cual el ensamblador Asencio de Salas esculpe la sillería del coro en 1648.

El terremoto del 20 de octubre de 1687 afecta en tal medida al templo de San Agustín que lleva a los sacerdotes de esa orden a plantear su total reconstrucción. Así alrededor de 1701 se inicia su transformación de una planta gótica-isabelina de una sola nave con capillas laterales cerradas a una planta renacentista de tres naves comunicadas entre sí y con un amplio crucero, ya muy en boga en los demás templos limeños. En 1710 se inicia la construcción de su famosa portada principal cuyos gastos realizó un patronato dirigido por Bartolomé Noriega quien, con el Obrero Mayor de la orden fray Félix de Aranguren, ya habían firmado el 17 de agosto del año anterior un contrato con el maestro cantero Ignacio de Amorín para cortar y transportar las piedras para esta obra que se inauguró en 1712. No se conoce aún al alarife, autor de esta notable portada-retablo.

Consta esta obra de cuatro cuerpos sobrepuestos cuyos detalles arquitectónicos, así como los perfiles y adornos de sus columnas dan, de acuerdo al padre Antonio San Cristóbal, "una fachada híbrida de estilo renacentista-barroco, sin mengua de su grandiosidad". En el primero de estos cuerpos se ve el basamento con tracerías sobre el que se hallan cuatro columnas salomónicas, dos a cada lado de la puerta, cuyos fustes tienen una profusa decoración de hojas y flores. En los intercolumnios hay hornacinas con estatuas de santos. El segundo cuerpo que es tan exhuberante como el primero se compone también de cuatro columnas, en cuyo centro se abre una gran hornacina que contiene una imagen en bulto de San Agustín pisando los bustos de dos herejes. El tercer cuerpo, que se separa del anterior por un cornizamiento ornamentado por cuatro cabezas de monstruos, en vez de las columnas tiene cuatro cariátides. El último cuerpo es el que contiene el vano de luz en forma ovalada que a comienzos de este siglo había sido convertido en una gran ventana circular y que afortunadamente hoy a recuperado su forma original.

Mientras tanto en el interior del templo y convento agustino se realizaban las siguientes obras de importancia: A partir de 1701 el ensamblador conchucano José de Castilla realiza el retablo para el venerado Cristo de Burgos que, tallado en esa ciudad por el entallador Jerónimo Escorceto, había llegado a Lima en 1693, mientras que el ensamblador Diego de Aguirre hacía el retablo de las Reliquias, que hacía juego con el del Santo Cristo de Burgos, por orden de Juan Bautista Ordóñez de Villaquirán. En 1741 el pintor Cristóbal Lozano hace el lienzo de "Las Cadenas de San Pedro" para la sacristía. Y en 1744, dos años antes del gran terremoto de 1746, el alarife Santiago Rosales solicita ser maestro mayor de las obras de la iglesia por fallecimiento del maestro alarife anterior Lucas Meléndez.

También anterior a ese terremoto, en la noche del 26 de octubre de 1743, sucedió el episodio que conmocionó a la sociedad limeña de esa época y que narra Ricardo Palma, cuando el platero Lucas de Valladolid robó la Custodia de la iglesia de San Agustín para enterrarla en un lugar vecino a la Alameda de Acho y huir a la ciudad de Huancavelica. Ahí fue capturado el 23 de noviembre, luego enviado a Lima el 8 de diciembre para ser ahorcado, ante numeroso público, previa cortada de manos.

Escultura importante del arte limeño que guarda la iglesia de San Agustín, en una hornacina de la Ante-sacristía, es la de "La Estatua de la Muerte" tallada en madera por el escultor mestizo Baltazar Gavilán y que los agustinos sacaban en procesión durante los días de Semana Santa. A este artífice se le atribuyen también la escultura ecuestre en bronce del rey Felipe V, que coronaba el arco que daba acceso al Puente de Piedra, una Dolorosa que se encuentra en la iglesia de San Francisco, un busto del marqués de Casa Concha y la escultura orante de José Damián de Cevallos para su monumento funerario en la capilla de Santa Ana, en la Catedral de Lima. Una leyenda recogida por Ricardo Palma sostiene que, al entrar ebrio a su habitación la noche misma en que terminó la escultura de La Muerte, Gavilán habría muerto de la impresión que le produjo.

Nuevamente por haber sido muy maltratada la iglesia por el terremoto del 28 de octubre de 1746 se realizó una nueva reconstrucción que es casi el templo que hoy conocemos si no fuera por las profundas modificaciones que se hicieron a su fachada, torre e interior afectados por la metralla recibida durante la revolución que llevó al poder al presidente Nicolás de Piérola en 1895 y que se inauguraron el 19 de setiembre de 1908.

Estas modificaciones fueron la demolición de su única torre, la sustitución de la ventana ovalada que tenía la portada por una circular y el remplazo de la mayor parte de los retablos de madera, por temor a los incendios, por retablos de ladrillo y cemento. De acuerdo a Riva Agüero "se echaron abajo el campanario y se demolió la pintoresca y anchurosa iglesia, para sustituirla con la horrible elefantiasis pseudorománica actual, sin respetar mas que la churrigueresca portada, la cortesana y tornada sacristía (con la estofa y esmalte dorado de sus imágenes barbaramente recubierto de negro) y el espléndido artesonado de la Ante-sacristía. Últimamente se ha reconstruido su famosa portada principal dándole las características que tuvo antes de la absurda reforma anterior.

(Arquitecto Juan Gunther)