Fray Miguel de Orenes funda en 1535, tomando por titular al arcángel San Miguel, el convento de Nuestra Señora de La Merced, sobre cuatro solares que se le asignaron durante el reparto, en la 5a. cuadra del Jirón de la Unión. Es tradición considerar a esta congregación religiosa como la primera en construir su casa en la ciudad. Hay incluso cronistas de esa orden que afirman haber tenido una ermita, en ese mismo lugar, mucho antes de la fundación de Lima, el 18 de enero de 1535. El nombre completo de este importante patrimonio nacional es, desde su creación, el de "Convento Grande de San Miguel de Lima del Real y Militar Orden de Nuestra Señora de La Merced, Redención de Cautivos, de la Provincia Mercedaria de la Natividad de Nuestra Señora".

El primer templo levantado por esta emprendedora orden fue una rústica capilla que en 1541, año del asesinato de Francisco Pizarro, se reconstruyó totalmente para convertirla, de acuerdo al cronista Bernabé Cobo, "en una grande nave cubierta de tablas, con capillas (hornacinas) a los lados". Un año después, el 25 de marzo de 1542, los sacerdotes acceden a que María de Escobar, la tradicional importadora del trigo, la vid y los olivos, viuda del aristocrático Francisco de Chávez, asesinado junto al gobernador, construya por su cuenta el altar mayor del templo, como sepulcro de sus familiares, mientras otros conquistadores construían las demás capillas laterales. Dice fray Víctor M. Barriga que "al principio el templo fue de una pequeña nave, con cinco altares o capillas: el altar mayor (al centro) y las capillas del regidor Francisco de Ampuero y de La Piedad a la derecha, y las del Crucifijo y de San Lorenzo a la izquierda."

En 1589, tres años después del primer gran terremoto que azotó a la naciente ciudad, el alarife Alonso de Morales adosó a la iglesia una torre cuadrada, considerada como la primera que engalanó el paisaje limeño. Tres años después el alarife Cristóbal Gómez rehace el claustro primitivo con "ocho lanzas de arcos altos y bajos de piedra" que en 1600 adorna su colega Francisco de Morales con una bella pila, tomando como modelo la existente en el convento de Santo Domingo. Y en 1608 se inicia una nueva reconstrucción de la iglesia, que era de una sola nave, ampliándola con dos naves colaterales, introduciendo en la arquitectura autóctona la planta basilical de tres naves abiertas con un amplio crucero. Esto se logró perforando con arcos los muros medianeros de las antiguas capillas hornacinas y cubriéndolas con medias naranjas con linternas en su cumbre.

Esta transformación de la primitiva iglesia gótica-isabelina, de una sola nave con capillas laterales, en una iglesia de tres naves y gran crucero, transformó totalmente el espacio interior del templo, dándole la originalidad que a partir de entonces adoptaron también las demás iglesias conventuales de Lima, para a su vez esparcir el nuevo concepto arquitectónico hacia otros templos de América del Sur.

Antes de su última transformación la iglesia fue engalanada con muchas obras de arte, entre las que destacaron el arco y portada de la capilla de la cofradía de Nuestra Señora de Agua Santa "conforme al modelo de la portada de las vírgenes Santa Justa y Rufina", iniciada por el alarife Juan de Mora a partir del 10 de julio de 1595; la escultura de dos varas de alto (aproximadamente 1.67 mts.) de Nuestra Señora de La Merced labrada en 1603 por el escultor sevillano Martín Alonso de Mesa Villavicencio y el lienzo de 9 por 5 varas pintado, en mayo de 1600, para el refectorio del convento por Angelino Medoro.

También, a comienzos de ese siglo, realizan los mercedarios obras fuera de su convento principal. Construyen iglesias en el Callao y en San Miguel de Miraflores. En 1604 fundan la recolección de Nuestra Señora de Belén, en la calle del mismo nombre, por iniciativa de Paula Piraldo y Herrera, rica encomendera de Colán, propietaria de esas huertas. El 31 de julio de 1607 el escultor de la Virgen de La Merced citado anteriormente empieza el retablo de la iglesia mercedaria de Ate cuyo dorado estuvo a cargo de Diego Sánchez Merodio. Y en 1626 fundan el Colegio de San Pedro Nolasco al que en 1657 el maestro albañil Domingo de Aguilar contrata la construcción del claustro, aunque subcontrata la obra con los oficiales Nicolás de Valdés y Francisco de Alcocer, por estar muy ocupado en la construcción de la bóveda vaída lisa de la iglesia del Prado.

El destructor terremoto de 1609 retraza la obra de la ampliación del templo que recién se reanuda el 5 de enero de 1613, cuando los alarifes Alonso de Arenas y Andrés de Espinoza contratan la construcción de la capilla mayor, de dos capillas laterales y del crucero. El primero de ellos hace además la traza de la capilla de la cofradía de indios de Nuestra Señora de la Consolación, ubicada entre la puerta y la torre, mientras que el segundo contrata al año siguiente, el 28 de marzo de 1614, hacer de ladrillo y piedra la capilla de Nuestra Señora de la Piedad cuya imagen labrará el escultor Diego Martínez de Oviedo en 1616.

La conversión del templo antiguo en una planta basilical con ancho crucero se prolongó por varios años puesto que el 3 de setiembre de 1621 el escultor Andrés de Espinoza contrata la obra "del cuerpo de la iglesia" para adaptarlo a la nueva traza y, todavía, a mediados de julio de 1628 se construía el "nuevo templo" según traza del arquitecto mercedario fray Pedro Galeano, gracias a los donativos del capitán Bernardo de Villegas y de su esposa Marcela de Montoya, cuya bella capilla-sepulcro era decorada, en esos años, por el pintor romano Mateo Pérez de Alesio, en compañía de su dicípulo Pedro Pablo Morón, y que hoy está en proceso de restauración. En 1667 el alarife Manuel de Escobar construye un nuevo campanario al tiempo que hacía uno de espadaña para la iglesia mercedaria del Callao.

Este templo, con su distribución interna muy semejante al actual, fue enriquecido con muchas obras de arte antes del gran terremoto de 1687. Entre ellas destacan el retablo de la capilla del lado del Evangelio, cuya ejecución fue contratada el 14 de marzo de 1628 al entallador Pedro de Mesa; el retablo de la Santísima Trinidad coronando a la Virgen, según una lamina del padre Urraca, quien contrató su ejecución, el 20 de febrero de 1636, al ensamblador Tomás de Aguilar y al escultor Pedro Muñoz de Alvarado; un tabernáculo de cedro y roble que debía colocarse en uno de los pilares frontero al púlpito realizado, a partir del 20 de junio de 1637, por el ensamblador y maestro de arquitectura, Asencio de Salas; el "Santo Cristo" contratado al escultor sevillano Juan Martínez Montañés el 13 de julio de 1640 por Luis de Betancur y Figueroa, fiscal de la Inquisición, y que se venera hoy como el Cristo del Auxilio; la corona de plata para Nuestra Señora de Agua Santa que en 1658 realizó el platero Juan Canelas Albarrán y cuya imagen de Cristo Crucificado hizo en 1660 el escultor Francisco Martínez. En 1674 el platero Antonio Silveyra hace las lámparas para la cofradía de Nuestra Señora de los Remedios.

Desde mediados del siglo XVII, hasta los primeros años del siglo siguiente, trabajó en el arreglo y el embellecimiento del conjunto monumental de La Merced el arquitecto mercedario limeño, también escultor y ensamblador fray Cristóbal Caballero. Este gran artífice va a dejar su profunda huella en la arquitectura de este notable patrimonio nacional, desde su rica portada principal hasta en los detalles más pequeños de sus claustros. El 1o. de octubre de 1671 el comendador de la orden lo nombra "maestro mayor de todas las obras de esta provincia" otorgándole además licencia para trabajar en construcciones para otras congregaciones. Así realiza importantes obras, como nos lo cuenta el padre Antonio San Cristóbal, en los conventos de San Francisco, San Agustín, Santa Ana, Santa Catalina, Santísima Trinidad, la Concepción y en el Sagrario de la Catedral. Su calidad profesional llevó a la ciudad a nombrarlo en 1696 "maestro mayor de fábricas reales", luego del fallecimiento del alarife Diego Maroto que lo antecedió. En 1684 recibe el grado académico de "presentado", teólogo antes de ser declarado "maestro". Al año siguiente, y hasta mayo de 1688, es nombrado comendador del convento de La Merced en el Callao. Como tal arrienda, con permiso de sus superiores, la hacienda Surquillo al alférez Cristóbal García de Paredes, que se instalará en el actual centro de Miraflores. Debió fallecer entre mediados de marzo de 1702, cuando realiza una última tasación del retablo de Nuestra Señora de los Remedios, y el 24 de agosto de 1703, cuando figura como fenecido en el capítulo provincial de la orden de La Merced de ese día.

Cristóbal Caballero se inicia como alarife de La Merced contratando la hechura del retablo de la cofradía de San Lorenzo, el 28 de setiembre de 1659. El 30 de abril de 1664 se compromete ha realizar la cubierta de madera del segundo claustro, que en 1662 inició el alarife Manuel de Escobar. Al año siguiente, el 11 de setiembre 1665, se compromete con el mayordomo de la cofradía de Nuestra Señora de los Remedios para hacer un retablo nuevo sobre otro viejo retirado por el carpintero Pedro de Céspedes. El 6 de junio de 1679, año de la beatificación de Santo Toribio, inicia el maestro alarife Francisco Javier Domínguez la construcción del noviciado de La Merced y poco más de un mes después, el 18 de julio, la planta alta del segundo claustro, siguiendo en ambos casos los planos y las directivas de Cristóbal Caballero. Después del destructor terremoto de 1687, que destruyó gran parte del templo y convento mercedario, trabajó arduamente en su reconstrucción. Y a partir de 1696 inicia la construcción de la bella portada de piedra que hasta hoy engalana al Jirón de la Unión.

Entre el terremoto de 1687 y el de 1746, que nuevamente destruye gran parte del templo y del convento, se realizan las siguientes obras mas importantes: el retablo de la Virgen de los Remedios hecho en 1702 por el ensamblador Juan Rojas; a partir del 30 de agosto de 1714, el grabador fray Miguel Adame pinta cuatro evangelistas para la capilla de Jesús Nazareno, mientras el ensamblador y dorador Juan José Ramírez Capitán hace su dorado y en 1739 el grabador Juan Francisco Rosa hace la imagen del Señor del Auxilio. Mientras tanto en 1730 la virgen de La Merced es declarada "Patrona de los Campos de Lima" y sacada por primera vez en procesión.

La reconstrucción de la iglesia y el convento, después del terremoto de 1746, fue un proceso lento que abarcó casi integramente la segunda mitad del siglo XVIII. Con el agravante de que el 24 de abril de 1775 se produjo un devastador incendio que redujo a cenizas la sacristía y parte del templo. Las obras de reconstrucción más importantes y que prácticamente subsisten hasta el día de hoy se realizaron en las siguientes fechas: entre 1759 y 1762 la torre, la bella escalera principal y los balcones interiores; entre 1762 y 1765 la portada de Cristóbal Caballero; entre 1765 y 1768 algunas medias naranjas y la sacristía; en 1774 la biblioteca; en 1775 la sacristía incendiada; entre 1777 y 1780 el segundo piso del claustro principal; entre 1781 y 1786 la portería, los altares del claustro principal y se inició la confección de los lienzos de la vida de San Pedro Nolasco que adornan el claustro principal; y entre 1786 y 1798 los altares de la Virgen del Traje, San Ramón y Jesús Nazareno, y el Salón Capitular.

Trece de las pinturas, sobre la vida del fundador de la orden, que adornan el claustro principal ya citadas fueron realizadas entre 1783 y 1792 por el pintor Julián Jayo, bajo la dirección de fray Gabriel García Cabello. En 1786 Juan de Mata Coronado pinta uno y a partir de 1792 el pintor Julián Falte hace los demás.

Durante esa misma época se fabrican las campanas que hasta hoy siguen anunciando los ritos religiosos más importantes del templo: en 1757 el fundidor Francisco de León hace la que lleva la inscripción "Sea bendito y alabado el Corazón de Jesús Sacramentado", en 1775 el fundidor Pedro Mexía hace la "San José"y en 1787 el fundidor limeño Diego Calero, que residía en Maravillas, hace la campana grande de 1.56 mts. de diámetro.

Antes de la proclamación de la Independencia el infatigable introductor en Lima del neoclasicismo, el presbítero Matías Maestro, reconstruye totalmente el altar mayor que en 1810 será dorado por el pintor Félix Batlle. En 1807 el escultor José Vato labra una estatua de San Bernardo. En 1810 el platero José Palomino hace seis candeleros grandes de plata y el 30 de agosto de 1814 el dorador Andrés Bartolomé de Mendoza dora, graba y encarna las imágenes de la Virgen y San Juan del retablo de Jesús Nazareno. El 24 de setiembre 1823 la Virgen de La Merced es declarada "Patrona de los Campos de Lima y sus alrededores y de los Ejércitos de la República del Perú", en una pomposa ceremonia presidida por el presidente de la República José Bernardo Tagle, "en reconocimiento a la especial protección del Ser Supremo por mediación de la Santísima Virgen de las Mercedes en los acontecimientos felices para las armas de la Patria".

En 1860 el arquitecto Guillermo D'Coudry hace una refacción integral del templo de La Merced especialmente en lo tocante a la torre, las cúpulas y bóvedas entre el altar mayor y el coro. Pero a fines del siglo pasado la fachada de la iglesia de La Merced, incluyendo su magnífica portada, va a ser cubierta con una gruesa capa de yeso para darle un aspecto de arquitectura afrancesada que el templo jamás tuvo. Este maquillaje fue levantado afortunadamente en 1940 por el arquitecto Emilio Harth-Terr‚ para restituirle el aspecto original que le dio el notable alarife mercedario Cristóbal Caballero trecientos años antes.

(Arquitecto Juan Gunther)