La iglesia reedificada por Sebastián Antuñano y el Monasterio fundado en 1730, sufrieron los estragos del violento sismo del 28 de Octubre de 1746, la construcción de un nuevo templo era necesario.

A comienzos de 1766, por decisiva influencia de la Pericholi, ferviente devota del Señor de los Milagros, el XXXI Virrey Don Manuel Amat y Junient, fue a visitar la Iglesia de Nazarenas y al contemplar su lamentable estado, decidió la construcción de un nuevo templo para tan portentosa efigie, se puso de acuerdo con la Madre Priora Grimanesa Josefa de Santo Toribio C.D. y con la Benefactora Doña Maria Fernández de Córdova y Sande, sugiriéndole la idea de despertar los dormidos sentimientos del devoto pueblo limeño.

Contando con el importante apoyo del Virrey, las Madres Nazarenas, repartieron por toda la ciudad una invitación que decía:

´...es ya tiempo que está iglesia se edifique y siendo el fondo principal con que debe contar la devoción de este vecindario que juro a este Divino Señor Patrón de la Ciudad contra los temblores que en ella se repiten, a dispuesto una mesa para el Domingo 4 de Mayo en la puerta principal del Colegio de los Desamparados....allí esperaran de su generoso ánimo aquella prueba que le dictare su piedad ....´

Fue con está invitación que al fin las madres Nazarenas después de 20 años del terremoto de 1746 tenían esperanzas de construir un nuevo templo para el Señor de los Milagros.