El 30 de enero de 1999, al asumir la arquidiócesis limeña, en una impresionante ceremonia en la basílica catedral, ante 50 obispos, un centenar de sacerdotes y más de mil fieles, dijo: “Asumo esta gran responsabilidad en espíritu de servicio a la Iglesia y consciente de mis personales limitaciones. Es una carga gravosa y fuente de fatiga que me lleva a meditar en las palabras de Cristo: “No he venido a ser servido, sino a servir” (Mt. 20, 28.

Y poniendo manos a la obra, creo la Vicaría de la Caridad, donde más de 30 mil personas, entre niños, ancianos, discapacitados y gente en extrema pobreza reciben ayuda diariamente.

Su preocupación constante por estos hermanos lo han llevado a asumir personalmente la conducción de este organismo, a través del cual impulsa múltiples iniciativas: derechos humanos, salud, y pastoral, siempre en contacto directo con personas e instituciones públicas y privadas que desinteresadamente acogen el llamado del Cardenal para asistir a los más necesitados, en coordinación con las parroquias.

Su trato personal, afable, se gana la simpatía de los feligreses de las parroquias más pobres, que colman los templos de sus respectivas zonas, cuando les predica la Palabra de Dios. Hombres y mujeres; niños, adultos y ancianos; sanos, discapacitados y enfermos, todos se acercan al Pastor para conocerlo y recibir de él unas palabras de aliento.

El Domingo de Pascua de Resurrección, 4 de abril de 1999, en su primera Carta Pastoral escribió: “Gracias, Madre Iglesia, por defender la vida, en estos tiempos en los que el egoísmo de los poderosos pretende reducir los nacimientos, provocar esterilizaciones, realizar abortos y promover la muerte anticipada de ancianos... ¡Respeta, defiende, ama y sirve a la vida humana, a toda la vida humana! ¡Sólo siguiendo este camino encontrarás justicia, desarrollo, libertad, verdadera paz y felicidad!”.

Presidió en Lima el Año Santo 2000, con motivo del segundo milenio de la venida de Jesucristo, mediante la Gran Misión Jubilar de Lima, que concluyó apoteósicamente con la asistencia de más de medio millón de fieles al VIII Congreso Eucarístico Nacional, que no se realizaba en el Perú desde hacía 35 años.