El 21 de febrero de 2001 el recordado Siervo de Dios Juan Pablo II creó 44 nuevos cardenales de la Iglesia Católica, entre ellos Juan Luis Cipriani Thorne, a quien le otorgó durante un consistorio realizado en Roma, la titularidad de la Basílica de San Camilo de Lelis (Roma).

Ese día, tras recibir la birreta y el anillo cardenalicio de manos del Santo Padre, el Cardenal Juan Luis Cipriani consideró este nombramiento como una “gran responsabilidad” y una “señal también de cercanía, aprecio y de estima del Vicario de Cristo por la Iglesia en el Perú y con la Arquidiócesis de Lima”.

Tras la ceremonia,  el recién creado cardenal envío su bendición al pueblo peruano, y expresó estas palabras que se pueden aplicar al momento actual: “El amor a nuestra patria se tiene que expresar de una manera muy clara en el amor a la verdad, porque amar a la Patria es amar a cada uno de los peruanos y para amar a cada uno de los peruanos hace falta un respeto especial a su fama y a su integridad moral”.

En su discurso a los nuevos cardenales, el Papa Juan Pablo II tras recordar que los Purpurados deben ayudar y colaborar con el Sucesor de Pedro “para aliviar el esfuerzo de un ministerio que se extiende hasta los confines de la tierra”, dijo: “Junto con él, debéis ser defensores valientes de la verdad y custodios del patrimonio de fe y de costumbres que tiene su origen en el Evangelio. De esta manera, seréis guías seguros para todos, y en primer lugar, para los presbíteros, las personas consagradas y los laicos comprometidos”.