El 21 de enero del 2001, el Papa Juan Pablo II anunció la creación de Monseñor Cipriani como Cardenal. En un Consistorio realizado en Roma el miércoles 21 de febrero de ese año, Su Santidad lo creó como Cardenal de la Iglesia Católica, otorgándole durante la ceremonia, la titularidad de la Basílica de San Camilo de Lellis (Roma).

En mayo del 2001, el Sumo Pontífice lo incorpora como miembro de la Congregación para las Causas de los Santos y lo ratifica en la Congregación para el Culto Divino y Disciplina de los Sacramentos en el Vaticano.

Al mando de la Arquidiócesis de Lima, el Cardenal Cipriani retomó la antigua costumbre de celebrar a las once de la mañana la Santa Misa en la Basílica Catedral todos los domingos. La respuesta de los fieles fue inmediata y masiva: Más de mil personas asisten semanalmente a esta Santa Misa.

Bajo su dirección, se creó una página web que informa de las actividades de la Arquidiócesis y sus datos históricos. Además, permite ofrecer a los usuarios de Internet un espacio para que lean y reflexionen sobre las homilías y documentos pastorales, los mensajes del Papa cuando visitó al Perú; Conozcan el Seminario de Lima, la Oficina de Educación Católica, las parroquias y sus horarios de Misa, la vida de los santos peruanos, entre otros servicios. www.arzobispadodelima.org

Asimismo, la Arquidiócesis realiza un programa de catequesis extraordinaria orientada a preparar para los sacramentos del bautismo, primera comunión y confirmación a aquellas personas adultas que por diversos motivos no los han recibido. Han sido cientos los fieles que en estos tres años se han visto favorecidos con este servicio pastoral que también incluye un programa de preparación de novios.

El Cardenal Cipriani participa en el programa “Diálogo de Fe”, a través de una emisora radial de cobertura nacional, en el que aborda distintos temas relacionados al Magisterio de la Iglesia, y en el que los oyentes a través de llamadas telefónicas, le plantean sus inquietudes. Su Homilía dominical también llega a través de una emisora de televisión de alcance y cobertura nacional con el espacio “Es Palabra de Dios”, que se difunde cada tarde de los días domingo.

Tras un largo período de preparación, el domingo 18 de abril del 2004, -fiesta de la Divina Misericordia- impartió la bendición a más de 10.000 misioneros en la Misa de Envío de la Gran Misión «Remar Mar Adentro» cuyo principal objetivo es renovar la vida en Cristo en la capital, asumiéndolo como la medida de todo y sacando de El, la fuerza y la luz para comprometerse nuevamente en la vida cristiana.

Luego de la bendición y la renovación de las promesas bautismales, los misioneros recibieron del cardenal Cipriani una cruz como símbolo de fe, la misma que los identificó como los hombres y mujeres preparados para «echar las redes» en esta nueva evangelización.

Tal como lo hizo en Ayacucho, durante sus años al frente de la Iglesia de Lima, el Cardenal Cipriani ha manifestado su cariño y especial atención al Seminario. Por eso es notorio el impulso que ha dado a este “corazón de la Iglesia”, que se refleja en el repunte del número de Seminaristas y nuevos Sacerdotes, unido a la formación que le viene dando el equipo de Sacerdotes que él mismo está guiando, destacando el cariño y la calidad hacia la Eucaristía.

Esta devoción y adoración a la Eucaristía también la promueve en la Arquidiócesis de Lima. Actualmente casi todas las Parroquias de la capital tienen su Capilla del Santísimo para la adoración diurna y permanente. En todas ellas se realizan jornadas de adoración y los Jueves Eucarísticos.